Jan de Yepes urodził się w roku 1542 w Fontiveros w Hiszpanii. Mając dwadzieścia lat wstąpił do Karmelu. Stał się pomocnikiem Teresy od Jezusa w dziele reformy Zakonu. Jako karmelita bosy przyjął imię Jana od Krzyża, ukochał bowiem krzyż Chrystusa i prosił Boga, aby nigdy nie brakowało mu cierpienia.

Zanim pierwsi karmelici wybudowali kościół pod wezwaniem i ku czci Błogosławionej Dziewicy Maryi na Górze Karmel, ich poprzednicy pustelnicy, skupieni wokół postaci i duchowego dziedzictwa proroka Eliasza w tzw. Dolinie Męczenników (Wadi’ain es Siah), gromadzili się na modlitwie w niewielkiej grocie w kształcie stajni, wykutej w skale.