Kaplica mieszcząca się na I piętrze domu ludowego została otwarta w 1942 r. Najpierw obsługiwali ją księża z parafii Maniowy. W 1953 r. do Kluszkowiec przybyli karmelici bosi. Przy tej kaplicy Kuria Metropolitalna w Krakowie erygowała filię parafii Maniowy.

Konwent założony w 1892 r. przez św. Rafała Kalinowskiego, pomyślany jako dom zakonny z alumnatem. W 1952 r. władze państwowe zabrały część budynku, przeznaczając go na szpital rejonowy. W roku 1981 Niższe Seminarium uzyskało prawa państwowe. Prywatne Liceum Ogólnokształcące restytuowano przy nim w 1991 r.

W Polsce przedrozbiorowej istniały w Krakowie dwa klasztory karmelitów bosych: Niepokalanego Poczęcia NMP na przedmieściu Wesoła (1605-1787) oraz św. Michała i Józefa pod Wawelem (1611-1797).