Zakonnik
Kalinowski o życiu zakonnym myślał od trzynastu lat. Realizację tego zamiaru najpierw uniemożliwiło mu dziesięcioletnie wygnanie, następnie obowiązki względem rodziny. Początkowo interesował się zakonem kapucynów, w Paryżu namawiano go do wstąpienia do zmartwychwstańców. Ostatecznie, po długiej walce wewnętrznej, zdecydował się na Zakon Karmelitów Bosych.
Brat Rafał od św. Józefa, takie bowiem otrzymał imię zakonne Józef Kalinowski, po rocznym nowicjacie 26 listopada 1878 roku złożył pierwsze śluby zakonne. Potem został przeniesiony do Raab (Györ) na Węgrzech, gdzie studiował filozofię i teologię. Tam 27 listopada 1881 roku złożył uroczyste śluby zakonne. Pod koniec miesiąca udał się do Czernej, odwiedzając po drodze klasztor karmelitanek bosych w Krakowie przy ul. Łobzowskiej. W roku 1882, 6 stycznia, otrzymał z rąk bpa Albina Dunajewskiego, w jego prywatnej kaplicy, święcenia subdiakonatu, 8 stycznia – diakonatu, a 15 stycznia – w kościele karmelitów bosych w Czernej – kapłańskie.
O. Rafał liczył 46 lat życia. Był człowiekiem dojrzałym nie tylko fizycznie, ale także religijnie. Stąd też nic dziwnego, że jego doświadczenie od razu w pełni wykorzystano tak w życiu własnym klasztoru, jak w pracy duszpasterskiej. 6 maja został mianowany pomocnikiem magistra nowicjuszów. 21 listopada semiprowincja austro-węgierska została prowincją, skutkiem czego nastąpiły zmiany przełożonych. O. Rafał został mianowany przeorem w Czernej. Klasztor liczył wówczas 8 ojców, 3 nowicjuszów kleryków oraz 6 braci laików i dwóch kandydatów na braci. Wśród ojców było czterech Polaków, jeden Francuz, jeden Hiszpan, jeden Belg i jeden Austriak. Odnowa życia zakonnego wpłynęła na ożywienie duszpasterstwa w kościele, który przyciągał mieszkańców najbliższej okolicy oraz pobliskiego Śląska. Ponadto karmelici służyli pomocą duszpasterską sąsiednim parafiom. O. Rafał dużo czasu poświęcał karmelitankom bosym w Krakowie, był ich spowiednikiem oraz towarzyszył prowincjałom i generałom w wizytacjach kanonicznych jako tłumacz i sekretarz. Zajmował się również fundacją nowych klasztorów karmelitanek bosych w Przemyślu (1884) i we Lwowie (1888). W latach 1885-1888 był czwartym definitorem prowincjalnym. W dalszym ciągu mieszkał w Czernej. W 1888 r. został ponownie przeorem w Czernej.
Najważniejszym problemem tych lat był brak dobrych powołań do życia zakonnego. Z tego powodu podjęto decyzję założenia niższego seminarium w Wadowicach (1892). Przełożonym nowej placówki został mianowany o. Rafał. Chłopcy mieszkali w klasztorze i uczęszczali do miejscowego gimnazjum. Niższe seminarium z czasem stało się głównym źródłem powołań do Zakonu Karmelitów Bosych na ziemiach polskich.
W 1894 roku o. Rafał został wybrany po raz trzeci przeorem w Czernej. Podobnie jak w poprzednich latach czas wypełniała mu praca w konfesjonale w Czernej oraz w obu klasztorach karmelitanek bosych w Krakowie. W 1897 roku został po raz drugi przełożonym domu w Wadowicach, gdzie podjęto budowę obecnego kościoła i klasztoru. Jego zdrowie było coraz słabsze. Bardzo łatwo zaziębiał się. W takiej sytuacji kierowanie budową było niemożliwe. Dlatego w październiku 1898 roku zrzekł się urzędu i wrócił do Czernej. W następnym roku został mianowany przez prowincjała wikariuszem prowincjalnym klasztorów karmelitanek bosych w Galicji. Urząd ten pochłaniał mu wiele czasu. W 1900 roku był obecny na kapitule prowincjalnej w Linzu, jednak z powodu choroby nie mógł brać udziału w obradach.
Następne lata poświęcił przede wszystkim karmelitankom bosym. W roku 1906 został przeorem w Wadowicach. W grudniu obłożnie zachorował. 4 stycznia 1907 roku był konający, lekarzom udało się jednak podtrzymać jego życie. W maju nastąpiła pewna poprawa zdrowia. Ponowny, ostry nawrót choroby przyszedł 21 sierpnia. 13 listopada po raz drugi otrzymał sakrament chorych. Zmarł dwa dni później, po godzinie 8 rano. 19 listopada zwłoki przewieziono do Czernej, gdzie następnego dnia zostały pogrzebane na cmentarzu zakonnym.
Współbracia zakonni o. Rafała oraz ci, którzy stykali się z nim jako kapłanem, zwłaszcza w konfesjonale, ulegali jego dobroci. Nigdy bowiem, proszony o pomoc, nie odmawiał. Chętnie spowiadał i nie żałował czasu dla swoich penitentów, których jednakowo traktował. Jako spowiednik był roztropnie łaskawy. W konfesjonale spędzał wiele godzin, również w czasie choroby. Sam będąc bardzo delikatnego sumienia, potrafił przywrócić pokój skrupulantom. Wierni doceniali wartość jego kierownictwa duchowego, stąd licznie przychodzili do jego konfesjonału. Szczególną troską otaczał chorych i chętnie ich odwiedzał.
Jako przełożony był dla wszystkich przykładem wypełniania obowiązków życia zakonnego, zwłaszcza modlitwy. Świadkowie często wspominają o jego skupieniu podczas Mszy św. Wszystkie czynności dnia były u niego podporządkowane jednemu celowi, a była nim doskonałość, pragnienie zjednoczenia się z Bogiem. W tym też kierunku wpływał na podwładnych. Od podwładnych wymagał karności. Nie był jednak szybki w podejmowaniu decyzji. W rządzeniu klasztorem kierował się sprawiedliwością i miłością. Przez całe życie słabego zdrowia, bez żadnych przywilejów i ulg wypełniał codzienne obowiązki stanu zakonnego. Wierność z miłości była dewizą jego życia.
Do chwały ołtarzy wyniósł go Jan Paweł II: 22 czerwca 1983 roku w Krakowie przez beatyfikację, a 17 listopada 1991 roku w Rzymie dokonując uroczystej kanonizacji.
