Powstaniec

Wybuch powstania styczniowego w roku 1863 zmusił Kalinowskiego do przyspieszenia starań o dymisję z wojska, i to bez oglądania się na to, czy znajdzie inną pracę zapewniającą mu środki do życia. Po wybuchu powstania garnizon brzeski postawiono w stan pogotowia. Z Brześcia wysyłano wojsko przeciw oddziałom powstańczym. Tylko przypadek uwolnił Kalinowskiego od wzięcia udziału w jednej z wypraw przeciw oddziałowi Romana Rogińskiego. W takiej sytuacji niepodobna było zostawać w mundurze żołnierza rosyjskiego – nawet gdy się było przekonanym, że powstanie nie ma żadnych szans powodzenia. Dzięki życzliwości doktora Jansena lekarz wojskowy stwierdził, że stan zdrowia Józefa Kalinowskiego wymaga zwolnienia ze służby w wojsku. Ukaz carski z 5 (17) maja 1863 roku pozwalał mu wrócić do cywilnych zajęć. W ostatnich dniach maja Kalinowski opuścił Brześć i przez Warszawę udał się do Wilna. W Warszawie spotkał się ze swoim kolegą, kapitanem inżynierii Alfem Wrześniowskim, zwolennikiem polityki Wielopolskiego oraz przeciwnikiem powstania. O przyszłości Józefa zadecydowało jednak spotkanie z ówczesnym naczelnikiem Wydziału Wojny Rządu Narodowego, Józefem Gałęzowskim. Znali się z Petersburga, gdzie Gałęzowski był wykładowcą w akademiach wojskowych. Na jego propozycję Kalinowski zgodził się objąć stanowisko naczelnika Wydziału Wojny w Wydziale Wykonawczym Litwy. W wyniku rozeznania sytuacji, które przeprowadził Kalinowski po przyjeździe do Wilna – a różniła się ona bardzo na niekorzyść od obrazu, jaki mu przedstawiono w Warszawie – doszedł do przekonania, że skoro nie można odwołać powstania, nie należy go jednak rozszerzać, gdyż to pociągnie za sobą tylko daremne ofiary.

W grudniu 1863 roku Józef Kalinowski uznał, że powstanie zbrojne już się skończyło. Z dawnego Wydziału Wykonawczego Litwy na wolności pozostał tylko Józef, który już od grudnia nie prowadził żadnej działalności. Przeczuwał jednak, że aresztowanie go nie ominie. Stało się to z 24 na 25 marca 1864 roku w Wilnie, w domu rodziców. Aresztanta umieszczono w więzieniu w klasztorze podominikańskim.

Komisja śledcza przekazała sprawę Józefa Kalinowskiego sądowi wojskowemu przy wileńskim Ordonans-Hauzie, uznając go winnym “pełnienia obowiązków kierownika sił zbrojnych na Litwie i redagowania rozporządzeń co do kierowania partiami powstańczymi”. 28 maja sąd wojskowy potwierdził jego winę i – zgodnie z wojskowym kodeksem karnym – zaliczył go do pierwszej kategorii przestępców.

Dzięki zabiegom rodziny, prawdopodobnie przy poparciu generała Wiatkina, Tymczasowy Audytoriat Polowy przeklasyfikował winę Kalinowskiego zaliczając go do II kategorii przestępców oraz zamieniając karę śmierci na dziesięć lat katorgi w twierdzach Sybiru.