Konsekrację kościoła poprzedziło pięć lat bardzo intensywnego życia nowej wspólnoty karmelitanek bosych. Nadal trwała budowa i wykończanie wnętrz, ale najważniejszym zadaniem była praca nad świątyniami serc, które miały stać się fundamentem dla następnych pokoleń.

W tamtym czasie istniał podział na dwie kategorie sióstr – chórowe i konwerski. Te drugie pochodziły głównie z uboższych rodzin i zdarzało się, że były niepiśmienne. W klasztorze podejmowały cięższe prace fizyczne i, na miarę swoich możliwości, były wprowadzane w życie modlitwy. Kandydatki na siostry chórowe zaraz po wstąpieniu otrzymywały habit i imię zakonne, natomiast kandydatki na siostry konwerski musiały najpierw odbyć w klasztorze roczną próbę. Po obłóczynach jedne i drugie przechodziły rok nowicjatu i składały śluby zakonne na całe życie. Anna Rupniewska, przeorysza nowej wspólnoty wzięła na siebie zadania mistrzyni nowicjatu i sama czuwała nad formacją młodych sióstr.

Do końca 1725 roku przyjęto aż dziesięć kandydatek. Jedną z nich po dwóch miesiącach z żalem wydalono z powodu ukrytej, prawdopodobnie zaraźliwej choroby, w opinii lekarzy nie rokującej na wyleczenie. Pozostałe kandydatki, jak również wstępujące w kolejnych latach, w odpowiednim czasie otrzymywały habit i składały śluby zakonne. W 1730 roku klasztor liczył już 18 sióstr, w tym trzy fundatorki z Grodzkiej.

Wspólnota utrzymywała bliskie relacje z Ewą Szembekową. Miała ona szczególny przywilej z Rzymu na wejście do klauzury klasztoru cztery razy w roku i czasem z niego korzystała. Wspomagała też finansowo siostry i kandydatki bez posagu. Chętnie korzystała z rozmów duchowych z Anną Rupniewską i troszczyła się o jej coraz to słabsze zdrowie. W 1727 roku, przy okazji święta św. Teresy od Jezusa, przyjechała z małą, czteroletnią córeczką Bilhildą. W kolejnym roku przywiozła kandydatkę na siostrę chórową i uczestniczyła w jej obłóczynach.

Tymczasem Anna Rupniewska była coraz słabsza, ale ile tylko mogła, brała udział w życiu wspólnoty. Jeszcze na początku września w dniu Narodzenia Maryi zaśpiewała słabym głosem uroczyste Salve Regina. Otoczona wspólnotą zmarła 26 października 1728 roku. Codziennie modliła się słowami: O Panie! przez nieskończoną dobroć Twoją miejże chwałę jako największą z tego Miejsca, na które posyłaj takie dusze, któreby Ci się jak najwięcej mogły podobać, abyś mógł mieć w tym Zgromadzeniu swoją Chwałę i swoję Delicyję. Modlitwę tę dziś i my podejmujemy.

W lutym 1729 roku w klasztorze na Wesołej odbyły się pierwsze wybory. Przeoryszą została Teresa Helena od Ducha Świętego (Łuczycka). Na zmianę z Krystyną Heleną od Ofiarowania NMP (Poniatowską) fundatorki z Grodzkiej będą kierować młodą wspólnotą aż do momentu śmierci każdej z nich.

W tym samym roku przyjechał do Polski generał Zakonu o. Filip od św. Mikołaja. Objeżdżając klasztory ojców karmelitów bosych w Czernej i w Krakowie, przyszedł również na Wesołą. Na koniec serdecznego spotkania w rozmównicy zaprosiła W[ielebnego] O[jca] N[aszego] Generała W[ielebna] M[atka] N[asza] na Mszę św. śpiewaną co przyjął i wykonał z wielkim afektem mówiąc potem u kraty, pamiętajcież to sobie na zawsze, że w dzień SS[więtych] Piotra i Pawła Generał celebrował u was w kościele.

Konsekracja kościoła została wyznaczona na 15 kwietnia 1730 roku. Wypadała wtedy Niedziela Przewodnia (Biała). Była to pierwsza niedziela po Wielkanocy (dziś Niedziela Miłosierdzia). I tym razem Jan Szembek nie mógł przyjechać. Zresztą od poświęcenia kamienia węgielnego w 1719 roku, nie był w Krakowie ani razu. Przyjechał natomiast jego brat – Krzysztof Szembek, biskup warmiński, ten sam, co przewodniczył obrzędom przed jedenastu laty, wtedy jeszcze jako ordynariusz przemyski. Już w przededniu ceremonii przybył do klasztoru i wraz z osobami towarzyszącymi wszedł do klauzury, żeby obejrzeć klasztor (miał potem uczynić rzetelną relacyję swemu bratu). Chodził po korytarzach, był w zakrystii, w chórze zakonnym, widział niektóre pomieszczenia do pracy. Powiedział przy tym, że mu się nie podobała ta wielka obszerność klasztoru, żeby ta summa piniędzy która expendowana jest na taką niepotrzebną machine lepi aby się była obrocieła na pożywienie zgromadzenia. W refektarzu opieczętował przygotowaną wcześniej cynową trumienkę z relikwiami, które następnego dnia miał włożyć do ołtarza. Zszedł również do krypty zakonnej, aby się pomodlić przy grobie swojej ciotki Anny Rupniewskiej. Na koniec udzielił błogosławieństwa przeoryszy i wyszedł z klauzury.

Zaraz po tym o szesnastej z pobliskiego kościoła ojców karmelitów bosych wyszła uroczysta procesja z jeszcze innymi relikwiami. Kapela grała na różnych muzycznych instrumentach. Przed kościołem sióstr sławny po różnych miastach kaznodzieja, a obecnie magister nowicjatu o. Sebald od Wszystkich Świętych wygłosił okolicznościowe kazanie. Następnie relikwie zostały umieszczone w przygotowanym dla nich miejscu pięknie przyozdobionym, z płonącymi świecami, a kapłani wraz z biskupem Krzysztofem odmówili oficjum o Świętych Męczennikach. Na koniec biskup Szembek pontyfikalnie ubrany dwa cebry wody poświęcieł tę zaś wodę święconą kazał zaraz zanieść do poboczny przy drzwiach kościelnych kamery y zamknąć pilnie przestrzegając y zakazuiąc żeby nikomu niepozwalać brać iey.

15 kwietnia już przed godziną siódmą zaczęły się Ceremonie Poświęcenia według opisanego zwyczaiu Kościoła Świętego – ceremonie długie i pracowite dla celebransa. Kronikarka nie opisuje ich szczegółowego przebiegu. Po nich przed kościołem grała kapela, a biskup chwilę odpoczął na kapelanii. Następnie pontyfikalnie ubrany rozpoczął uroczystą Mszę Świętą. Na tej sumie było przytomnych wielo godnych y zacnych prałatów kanonikow krakowskich y innych. Kazanie wygłosił ks. Marcin Waleszeński, kanonik katedralny krakowski y Rektor przesławny Akademiy. Dosyć zacnie i godnie powiedział bo też miał zacnego y godnego Auditora iako to z Duchownych Ichmościow kanonikow krakowskich przełożonych z rożnych zakonow z swieckich zaś Jaśnie Oświeconego Xiążęcia Lubomierskiego Woiewodę Krakowskiego… i wielu innych Ichmościów. Po Mszy rozdawano drukowane panegiryki sławiące Jana Szembeka, fundatora i jego brata biskupa warmińskiego. Na ostatku Xsiążę Jegomość zaprosiwszy z sobą na obiad przytomnych gości poiechał do pałacu.

Wieczorem miały być jeszcze nieszpory z biskupem Krzysztofem w oprawie muzycznej kapeli, ale ani biskup nie dotarł (nie mógł przecież od gości zaproszonych odiechać), ani kapela. Siostry zaśpiewały więc nieszpory swoim zwyczainym tonem, na co wysłany w zastępstwie ksiądz Michał Łaszewski (był to kanonik i nominat na sufragana warmińskiego) powiedział, że mu się bardzi nasze podobało śpiewanie niżely kapelly. Kiedy wreszcie biskup Szembek dojechał, przy kracie w rozmównicy sióstr wyraził swoją radość, że mu się podała okazyia do przysługi panu Bogu że iako on pierszy fondamentalny założeł kamień tak y poświęcieł to mieisce święte.